水路閣の下を通り、さらに進むと南禅院がある。南禅寺の塔頭の一つだ。 南禅院は、離宮禅林寺殿「上の宮」の遺跡で、南禅寺の発祥の地である。しかし、明徳4年(1393)、応仁元年(1467)の応仁の乱により被災、荒廃していたが元禄16年(1703)に徳川綱吉の母、桂昌院の寄進により再建されている。方丈内陣中央には亀山法皇木像が安置されている。